Möglicherweise einfaches K-Line intreface in Verbindung mit zu neuem Stand der Thermo Test software.
Welche Version hast du installiert?
EDIT: Kann natürlich auch sein, dass ein Hardwarefehler auf der Platine vorliegt. Kommt schon mal vor, habe auch welche gesehen, die Feuchtigkeitsschäden hatten.
Vielleicht hilft dir das hier (falls nicht schon bekannt):
https://www.blafusel.de/phpbb/viewtopic.php?f=12&t=3135
Hast du die Möglichkeit,
dein setup an einer funktionierenden Webasto zu testen?
Nicht dass du dir nen Wolf suchst es liegt doch an der Hardware?
Was ich aber bestätigen kann: K-Line Interfaces die mit reinen Pegelwandlern funktionieren und auch noch über USB (das was du hast), machen gerne mal Stress, gerade wenn die betreffenden Steuergeräte irgendwelche krumme timings -gerne auch asynchron- nutzen.
Ansonsten viel Erfolg und aus reinem Interesse: bitte berichten 
Daimler sei mit Euch, suche ein OBD Diagnosegerät. Könnt ihr Eines aus eurer Praxis empfehlen? Gruß aus Pfungstadt Gessen, Olly